虽然现在大多数复合肥都必须是多元的，但仍然不能完全取代有机肥，有条件的地方尽量增加腐熟有机肥的施用量。复合肥与有机肥配合施用，可提高肥效和养分的利用率。有机肥的施用，不仅改良土壤，活化土壤中的有益微生物，更重要的是节省能源，减轻环境的污染，使用一些生物有机肥，不但可以免去传统制作有机肥的繁琐过程，而且可为土壤提供大量的有益微生物活化土壤养分，减少连作障碍。

某些专用复合肥虽然根据作物的需肥特点，土壤的供肥特性确定了适宜的养分配比，但也很难完全符合不同肥力水平土壤上作物实际生长的要求，因此有必要根据作物的实际生长情况，再配合使用一些单质肥。如在缺氮土壤上对需氮较多的叶菜类需使用一些氮肥，在缺钾土壤上对需钾较多的西瓜后期要使用一些钾肥。

施用方法

复合肥肥效长，宜做基肥。大量试验表明，不论是二元还是三元复合均以基施为好。这是因为复合肥中含有氮、磷、钾等多种养分，作物前期尤其对磷、钾极为敏感，要求磷、钾肥要做基肥早施。控释复合肥在生产过程中采用了包衣、造粒等工艺，肥效缓慢平稳，比单质化肥分解慢，养分淋失少，利用率高，适合于作基肥。一般亩用量为30至40千克。复合肥不宜用于苗期肥和中后期肥，以防贪青徒长。

复合肥分解较慢，对播种时用复合肥做底肥的作物，根据不同作物地需肥规律在追肥时及时补充速效氮肥，以满足作物营养需要。

复合肥浓度差异较大，应注意选择合适的浓度。目前多数复合肥是按照某一区域土壤类型平均养分善和大宗农作物需肥比例配置而成。市场上有高、中、低浓度系列复合肥，一般低浓度总养分在25%至30%之间，中浓度在30%至40%之间，高浓度在40%以上。要因地域、土壤、作物不同，选择使用经济，高效的复合肥。一般高浓度复合肥用在经济作物上，品质优、残渣少、利用率高。

复合肥浓度较高，要避免种子与肥料直接接触，会影响出苗甚至烧苗、烂根。播种时种子要与穴施、条施复合肥相距5到10厘米左右，切忌直接与种子同穴施，造成肥害。

复合肥配比原料不同，应注意养分成分的使用范围。不同品牌，不同浓度复合肥所使用原料不同，生产上要根据土壤类型和作物种类选择使用。含硝酸根的复合肥，不要在叶菜类和水田里使用，含铵离子的复合肥不宜在盐碱地上使用，含硫酸钾的复合肥不宜在水田和酸性土壤中使用。否则，降低肥效甚至毒害作物。

复合肥中含有两种或两种以上大量元素，氨表施易挥发损失或雨水流失，磷、钾易被土壤固定，特别是磷在土壤中移动性小，施于地表不易被作物根系吸收利用，也不利于根系深扎，遇干旱情况肥料无法溶解，肥效更差。所以复合肥的施用应尽可能避免地表撒施，应深施覆土。